原子力顯微鏡本身的優(yōu)勢(shì)是其在生物學(xué)中得以迅速發(fā)展的主要原因：

①AFM原子力顯微鏡技術(shù)的樣品制備簡(jiǎn)單，無(wú)需對(duì)樣品進(jìn)行特殊處理，因此，其破壞性較其它生物學(xué)常用技術(shù)(如電子顯微鏡)要小得多;

②原子力顯微鏡能在多種環(huán)境(包括空氣、液體和真空)中運(yùn)作，生物分子可在生理?xiàng)l件下直接成像，也可對(duì)活細(xì)胞進(jìn)行實(shí)時(shí)動(dòng)態(tài)觀察;

③AFM原子力顯微鏡能提供生物分子和生物表面的分子/亞分子分辨率的三維圖像;

④原子力顯微鏡能以納米尺度的分辨率觀察局部的電荷密度和物理特性，測(cè)量分子間(如受體和配體)的相互作用力;

⑤AFM原子力顯微鏡能對(duì)單個(gè)生物分子進(jìn)行操縱;

⑥由原子力顯微鏡獲得的信息還能與其它的分析技術(shù)和顯微鏡技術(shù)互補(bǔ)。

AFM原子力顯微鏡還具有對(duì)標(biāo)本的分子或原子進(jìn)行加工的能力，例如，可搬移原子，切割染色體，在細(xì)胞膜上打孔等等。綜上所述，原子級(jí)的高分辨率、觀察活的生命樣品和加工樣品的力行為成就了原子力顯微鏡的三大特點(diǎn)。